《环境保护税法》遵循税负平移原则，实现了排污费向环境保护税的平稳转移和顺利过渡，为生态文明建设和环境污染防治提供了必要的制度保障。但环境保护税征管实践中，一定程度地存在污染物排放量确定难以及税务机关与生态环境部门协作不畅等问题。而这些税收征管问题，实则是制度问题。因此，要解决征管问题关键是要解决制度设计问题。
环境保护税的计税依据是应税污染物的排放量，而排放量的确定要求科学专业的排放监测技术。从目前征管状况看，污染物排放量的确定受监测技术等制约，跨部门协作治税难度大，一定程度上影响了税收征管的准确性。
根据《环境保护税法》的规定，确定污染物排放量的方法包括：安装使用自动监测设备监测数据，监测机构出具监测数据，排污系数、物料衡算方法，抽样测算方法。其中的每一种方法，对于污染物排放量的确定均存在不同的问题。
1.自动监测设备安装覆盖率低。相对于其他三种方法，通过自动监测设备获得污染物排放量的数据相对精准，但由于自动监测设备购买安装费用较高，目前各地只在重点污染源中推进自动监测设备安装、联网、运维监管的“三个全覆盖”工作。而在推动重点排污单位安装自动监测设备的过程中，有些地方存在地方保护主义，不按照要求筛选确认重点排污单位，想方设法帮助企业规避监管，造成某些符合筛选条件的单位实际未纳入重点排污单位名录，而部分长期停产、废水零排放等不符合筛选条件的单位却被纳入了重点排污单位。由此，进一步降低了自动监测设备的有效安装范围。
2018年，全国共有26.7万户环境保护税纳税人，被纳入全国重点排污单位自动监测体系的共有19.8万户重点排污单位，仅为总纳税户数的7.42%。从实际情况看，如济南市2018年1291户环境保护税纳税人中，只有154户企业使用自动监测设备计算数据，占比仅为11.93%。
2.对自动监测设备的运行维护和数据监管不足。自动监测设备运维频次不足、设备校准校验合格率低以及故障未及时维修等状况弱化了自动监测设备效能。“假合法、真超排”时有发生。部分重点排污单位为片面追求利益最大化，通过与自动监控设备运维单位合谋篡改或伪造自动监测数据，导致超标排放违法行为时有发生。
3.委托监测数据的客观性、公正性存疑。受企业资金以及污染物自动监测技术的限制，大部分中小企业会选择监测机构出具的监测数据进行申报。第三方监测机构由企业聘请，费用由企业支付，这样，在缺乏对第三方监测机构监督的情况下，数据的客观性难以确保。一方面，企业可能在减少生产量或排放量较少的期间请监测机构监测，并以此作为申报数据；另一方面，第三方监测机构也是追求利益最大化的“经济人”，在开展业务时，考虑更多的可能是经济利益，而不是监测数据的质量。因此，第三方监测机构鲜有严格按照国家要求进行合规的污染物监测和科学的数据管理，导致企业申报的应税污染物当量数很难达到可测量、可报告、可核查的数据要求。据统计，某市委托监测的合规率几乎为零，监测数据的有效率约为40%。
4.排污系数、物料衡算方法与抽样测算方法不完善，致使部分企业和行业处于征管盲区。目前，生态环境部门发布了272个行业的排（产）污系数，仍未能实现全行业全部应税污染物的全覆盖，不能满足运用排污系数、物料衡算方法计算应税污染物排放量的需要。另外，不具备前述三种方法计算污染物排放量的企业占比较大。根据《环境保护税法》规定，对这部分企业按照省、自治区、直辖市人民政府生态环境主管部门规定的抽样测算的方法核定计算。抽样测算法在环境保护税的征管中应用广泛，覆盖了大部分“小三产”企业，但并没有全国统一的环境保护税核定征收程序。目前，只有部分省、自治区、直辖市出台了环境保护税核定征收管理办法，对于无排（产）污系数可以适用又没有核定征收管理办法可以依据的省、自治区、直辖市，部分环境保护税纳税人游离在征管之外。
环境保护税采取“企业申报、环保监测、税务征收、信息共享”的税收共治征管模式，并在《环境保护税法》及其实施条例中对双方数据交送、比对复核以及涉税信息共享平台建设等工作配合机制加以规定。自《环境保护税法》施行以来，税收共治的征管模式暴露出了以下几个问题。
1.交送数据的精准性有待进一步提高。实践中，生态环境部门交送给税务部门的数据与企业端读取的自动监测数据不一致的情况时有发生。除了纳税人故意少报、瞒报等主观因素外，生态环境部门对故障设备未及时维修、自动监测设备的运维频次不足、校验校准不及时、数据掉线等原因，是造成生态环境部门交送数据与企业申报数据不一致的主要原因。
当企业申报数据小于生态环境部门交送的数据时，税务部门可根据《环境保护税法》第二十条的规定，通过复核程序进行确认与调整；但是，当企业申报数据大于生态环境部门交送的数据时，根据《环境保护税法实施条例》第二十一条“按照环境保护主管部门交送的数据确定应税污染的计税依据”的规定，会造成企业少缴税款。
2.生态环境部门数据复核主动性不强。《环境保护税法》规定，对于环境保护税疑点纳税人，税务机关可以提请生态环境部门进行复核，生态环境部门应当自收到税务机关的数据资料之日起十五日内向税务机关出具复核意见。但在协作治税中，复核反馈并不理想。2018年前三季度，全国税务机关共向生态环境部门提请复核49994户次，占环境保护税申报总户次的6.6%，其中得到有效反馈26747户次，仅占提交复核总数的53.5%。除了复核难度大、相关数据较难取得导致无法出具复核意见外，税收共治缺少相应的制度保障、复核工作尚无可操作的程序规范是主要原因。
3.环境保护税涉税信息共享平台发挥的作用有限。《环境保护税法》第十五条规定了生态环境部门和税务机关应当建立涉税信息共享平台和工作配合机制，包括涉税信息共享的内容和范围。这种互助、互检的数据传递方式，可以协助两部门交互核查纳税人污染物排放量数据、申报是否准确等信息。但目前看，这一平台存在两个问题：一是在平台建设上，各地自行建立的涉税信息共享平台存在着标准和功能上的差异，而且由于各地区的关注重点、技术水平以及数据搜集范围的差别，导致平台的信息接口不够兼容，很难实现涉税信息的比对与交流；二是在平台使用上，由于部门之间存在系统接口不统一、企业基础信息不匹配等原因，很多信息仍在线下交换、纸质传递，无法实现及时、准确、全面的共享，未能充分发挥该平台作为综合治税重要工具的积极作用。
环境保护税基于税负平移的立法原则，总体上不增加纳税人的负担，但忽略了从税收征管角度推进制度重构。其结果是，实践中存在污染物排放量的监测效率不高、税收共治缺少可落地的具体措施等问题，加大了税收遵从成本，降低了征管效能。
1.缺乏对自动监测设备广覆盖和后续监管的制度规定。2018年6月16日印发的《中央国务院关于全面加强生态环境保护坚决打好污染防治攻坚战的意见》中提出：“2018年年底前，重点排污单位全部安装自动在线监控设备并同生态环境主管部门联网，依法公开排污信息。”但在法律层面，并未规定安装联网自动监控设备是重点排污单位的法定义务。而且，也无相关法律法规规定自动监控设备需要经过质量技术监督部门的强制性检定、定期校验校准等。这使得自动监测设备的数据质量大打折扣。同时，税务部门未出台鼓励企业使用自动监测设备的优惠政策，一定程度上不利于激励更多企业特别是中小企业安装使用自动监测设备。
2.缺乏对第三方委托监测机构的监督制度。在现有的委托监测制度下，第三方监测机构与企业之间存在着利益关系，在对其出具的监测数据缺乏监督的情况下，委托监测数据的客观性、公正性必然受到影响。由企业出资聘请第三方监测机构进行监测，还需要额外的征管资源对其进行监管和评估以提高其监测合规性、可信度。
3.排污系数、物料衡算方法和抽样测算方法的规定尚不完备。2021年4月，生态环境部、财政部、国家税务总局印发了《关于发布计算环境保护税应税污染物排放量的排污系数和物料衡算方法的公告》（生态环境部财政部税务总局公告2021年第16号），随同该公告发布了《生态环境部已发布的排污许可证申请与核发技术规范清单》以及《生态环境部已发布的排放源统计调查制度排（产）污系数清单》（以下简称《系数清单》）两个附件，并于当年5月1日起施行。《系数清单》很好地解决了原适用排污系数法征收环境保护税系数区间跨度大以及排（产）污系数行业覆盖低的问题。在该政策出台后，停止了《财政部税务总局生态环境部关于环境保护税有关问题的通知》（财税﹝2018﹞23号）第一条第二款“生态环境部尚未规定适用排污系数、物料衡算方法的，暂由纳税人参照缴纳排污费时依据的排污系数、物料衡算方法及抽样测算方法计算应税污染物的排放量”的做法，并规定依据生态环境部随时更新与核发的系数和方法计算应税污染物的排放量。2021年6月，生态环境部基于第二次全国污染源普查工作印发了《排放源统计调查产排污核算方法和系数手册》（以下简称《系数手册》），发布了工业源、农业源、生活源、移动源等排放源产排污系数，进一步完善了《系数清单》的内容，但仍未覆盖适用排污系数、物料衡算方法的全部行业和全部应税污染物。对于《系数手册》外的应税污染物，如何确定计税依据，也未明确。如果使用抽样测算法进行核定征收，部分省、自治区、直辖市又缺少相应的核定征收管理办法和计算方法，会造成污染物排放量申报不准确和部分漏征漏管户的发生。
从环境保护税征管依据的《税收征管法》和《环境保护税法》及其实施条例看，一方面，对协作治税的具体环节、程序均未作出明确规定。虽然《环境保护税法》对税收共治作出了框架性规定，但《税收征管法》对协作治税制度仅规定“各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务”，缺少具体的程序和可操作性措施，不利于合作治税。另一方面，缺少对生态环境部门及其工作人员不依法履职、违法履责的法律追责条款。《环境保护税法》仅在第二十三条规定，纳税人和税务机关、生态环境主管部门及其工作人员违反本法规定的，依照《税收征管法》《环境保》和有关法律法规的规定追究法律责任。而具体分析上述两部法律中的相关责任条款，并未对生态环境部门在污染物监测、数据交送与复核、涉税信息共享平台建设等环节明确相应的法律责任。
《财政部税务总局生态环境部关于明确环境保护税应税污染物适用等有关问题的通知》（财税﹝2018﹞117号）规定：“纳税人采用委托监测方式，在规定监测时限内当月无监测数据的，可以沿用最近一次的监测数据计算应税污染物排放量，但不得跨季度沿用监测数据。”但《排污单位自行监测技术指南（总则）》对最低监测频次的要求多为季度、半年和年度，当委托监测的频次为半年或年度时，纳税人只能依据排污系数或物料衡算方法进行纳税申报。实际调研发现，有的纳税人错误地按上一纳税期纳税数据申报，或者根本不申报，由此造成纳税申报数据的不准确以及逃避税现象的发生。
相关规定未能充分考虑征管的实际状况，导致制度难以落地。比如，财税﹝2018﹞117号文件第三条规定：“生态环境主管部门、计量主管部门发现委托监测数据失真或者弄虚作假的，税务机关应当按照同一纳税期内的监督性监测数据或者排污系数、物料衡算方法计算应税污染物排放量。”但是，现实中，由于排放行为的瞬时性，税务机关在发现委托监测数据存在问题时，已难以提请生态环境部门进行监督性监测来获取“同一纳税期内”内的排放数据。
针对目前环境保护税征管中出现的污染物排放量确定以及税务部门与生态环境部门协作治税方面的问题，从长期看，需要从税制完善入手，规范应税污染物排放量确定方法，用制度保障税收共治格局有效运转，做好部门间相关制度的衔接与落地，提高环境保护税的征管准确性。
1.提高自动监测设备的安装率和数据的准确性。自动监测设备监测污染物排放数据并非尽善尽美，却是目前相对严格、最为快捷的监测工具。因此，应从以下几个方面着手，提高自动监测设备的安装率和数据的准确性。一是结合第二次全国污染源普查结果，将符合自动监测设备安装条件的重点排污单位全部纳入进来。二是根据目前税收共治模式，建议各级政府按照《环境保护税法》的规定，加大环境保护建设的投入，对安装自动监测设备的纳税人予以资金支持；出台相关政策，对安装自动在线监测设备的企业予以一定的税收返还或企业所得税优惠。三是提高自动监测数据的准确性。应加快监测设备更新换代速度，同时，生态环境部门通过全面巡查制度，提高自动监测设备运维频次、设备校准校验合格率，保证数据平台系统畅通，避免自动监测设备非正常运行、篡改伪造自动监测数据造成的污染物排放量数据不准确。
2.重新审视第三方监测机构的定位。为解决委托监测机构数据的合规性、可信度问题，需要重新审视其在环境保护税征管中的定位。有两种办法可以选择。一是将其定位为税务部门和生态环境部门之外的独立监测机构，由各地生态环境部门、市场监督管理部门对第三方环境监测机构进行监督管理，对于出具虚假监测报告的第三方监测机构进行严厉惩罚，并建立监测机构黑名单制度，倒逼第三方环境监测机构诚信自律。这一方式的优点是改革难度低、易于实施，但缺点是需要更多的监管资源，且无法根除企业与受委托监测机构间的利益交换问题。二是将其定位为生态环境部门或税务部门的辅助监测机构。此时，需要改变对其出资方式。例如，由税务部门出资委托第三方监测机构，将企业实际缴纳的环境保护税税款的一定比例作为委托费用转付给第三方监测机构。这一方式的优点是可以杜绝企业与第三方监测机构间的利益交换问题，将第三方监测机构的利益与环境保护税收入相挂钩，较少地占用征管资源而实现征管效率的提高。
3.继续完善污染物排（产）污系数。在第二次全国污染源普查工作的基础上，进一步推动生态环境部门掌握各类污染源的数量、行业和地区分布情况，了解污染物产生、排放和处理情况，建立健全重点污染源档案、污染源信息数据库和环境统计平台，完善污染物排放量计算方法，在《系数手册》的基础上，纳入其他行业更多应税污染物的排（产）污系数，以满足环境保护税的征管需要。
4.明确抽样测算法的核定程序与具体核定办法。出台全国统一的环境保护税的核定程序，明确核定征收所依据的法律法规、计算依据、核定的事实与理由等需要告知的内容以及听证、责任承担等具体程序规定，各地税务机关在此基础上，按照本省、自治区、直辖市人民政府生态环境主管部门规定的抽样测算法，制定完善核定征收管理办法，使环境保护税的征收有法可依，避免征管漏洞。
在基本程序法中完善税收协作制度。一方面，为适应新形势下智慧税务关于精诚共治的要求，建议在《税收征管法》中对税收协作制度作出更为具体、更加详细的规定。比如，在《税收征管法》第五条中规范各有关部门和单位协助税务机关执行职务的具体程序、各环节的权利与义务等，在《环境保护税法》中对涉及环境保护税征管协作的对象、内容、形式、程序等相关内容进行具体规定，实现《税收征管法》与《环境保护税法》中关于协作征管的有效联动。①另一方面，增加追责条款。由于《环境保护税法》第二十三条已明确援引《税收征管法》等有关法律用以追究相关部门责任，因此，可以考虑在修订《税收征管法》时，在“法律责任”一章增加责任追究条款，具体规定相关部门和单位在污染物监测、数据传送、复核纳税申报异常数据、涉税信息共享平台建设等环节出现问题时应承担的法律责任。
现代化的税收制度应保障其制度内容符合成熟的技术规范。通过梳理生态环境部门与税务部门现行的法律法规及规范性文件，对“费改税”后两部门制度规定不一致或有出入的条款，应按照便利征管的原则，进行规范和统一。比如，衔接《排污单位自行监测技术指南（总则）》与财税﹝2018﹞117号文件对最低监测频次的要求，对采用委托监测数据计算应税污染物排放量的纳税人，将最低监测频次统一为季度。其中，享受环境保护税减免税优惠政策的企业最低监测频次为月度，以契合环境保护税申报需求。同时，对在实际征管中难以操作的规定、条款应及时修订或废止，以维护税法的严肃性和权威性。比如，对于财税﹝2018﹞117号文件第三条的规定可修改为：“对于生态环境主管部门、计量主管部门在同一纳税期内发现委托监测数据失真或者弄虚作假的，税务机关应当按照同一纳税期内的监督性监测数据或者排污系数、物料衡算方法计算应税污染物排放量；对于生态环境主管部门、计量主管部门在同一纳税期外发现委托监测数据失真或者弄虚作假的，税务机关应当按照生态环境主管部门交送的监督性监测数据或者排污系数、物料衡算方法计算应税污染物排放量，并按照《税收征管法》的相关规定进行处罚。”
