2016年12月25日十二届全国会第二十五次会议通过了《中华人民共和国环境保护税法》（以下简称税法），自2018年1月1日起施行。为保证税法顺利实施，财政部、税务总局、环境保护部起草了《中华人民共和国环境保护税法实施条例》（征求意见稿，以下简称条例）。
税法经全国会通过后，财政部、税务总局、环境保护部即成立了条例起草工作小组，集中力量做好条例起草工作。
2017年1-3月，与地方财政、税务和环保部门多次进行座谈，研究讨论条例框架、具体政策及重点难点问题，并赴北京等地进行了实地调研。在此基础上，起草了条例初稿。
2017年4月，再次组织江苏、浙江、上海、湖北等省市财税部门讨论修改条例初稿，并听取环境科研机构和专家的意见。在充分论证并吸收各方面意见基础上，形成了条例征求意见稿。
2017年5月，财政部、税务总局、环境保护部就条例征求意见稿，分别征求了国务院有关部门和省级财政、税务和环保部门意见，根据反馈意见，对条例作了进一步修改完善。
条例在税法规定的基础上对环境保护税的纳税人予以细化，明确缴纳环境保护税的其他生产经营者是指个体工商户和其他组织。（第二条）
税法规定，环境保护税的征税对象为大气污染物、水污染物、固体废物和噪声等四类。条例对此作了解释和细化规定：
固体废物是指在工业生产活动中产生的固体废物和医疗、预防和保健等活动中产生的医疗废物，以及省、自治区、直辖市人民政府确定的其他固体废物；
上述应税污染物的具体范围依照税法所附《环境保护税税目税额表》、《应税污染物和当量值表》确定。（第三条至第六条）
1．根据固体废物排放特点，为便于计算和核查，明确应税固体废物的排放量，按照当期固体废物的产生量减去符合国家和地方环境保护标准的综合利用量、贮存量和处置量计算（第十三条）。对纳税人逾期不办理纳税申报、进行虚假纳税申报以及非法倾倒应税固体废物的，为体现惩罚作用，明确其应税固体废物的排放量按照当期固体废物的产生量计算（第十四条）。
2．鉴于税法规定对超标排放应税污染物的城乡污水集中处理、生活垃圾集中处理场所征收环境保护税，为此，条例明确城乡污水集中处理、生活垃圾集中处理场所的应税污染物排放量，按照其当月超过排污许可限值或者国家和地方规定排放标准的污染物排放量计算。（第十五条）
3．鉴于税法只规定了牛、猪、鸡、鸭等部分禽畜养殖场污染当量数的计算方法，对税法未规定的其他畜禽种类，条例明确其应税污染物排放量的计算方法由省级环境保护主管部门确定。（第二十一条）
4．条例对按照排污系数、物料衡算方法计算污染物排放量的具体情形作了规定。同时，为体现惩罚作用，对纳税人违反污染物监测管理规定以及违法排放污染物的，明确其应税污染物排放量按照排污系数、物料衡算方法以污染物产生量计算。（第十八条、第十九条）
1．对规模化养殖的范围作了界定，属于规模化养殖的不予免税。但为鼓励畜禽养殖场对废弃物进行综合利用和无害化处理，促进循环经济发展，条例明确，规模化养殖场产生的养殖废弃物在符合国家和地方环境保护标准的设施、场所贮存，并采取粪肥还田、制取沼气、制造有机肥等方式进行综合利用和无害化处理的，予以免税。（第二十二条）
2．鉴于税法明确对城乡污水集中处理场所向环境达标排放的应税污染物免税，对工业污水集中处理等场所不予免税，为确保有关政策得到准确、有效执行，条例对城乡污水集中处理场所的范围作了界定，明确城乡污水集中处理场所是指面向社会公众提供公共生活污水（污泥）集中处理服务，并由政府支付运营服务费或安排运营资金的污水（污泥）集中处理厂站或者设施。同时明确，为工业园区、开发区、工业聚集地以及其他特定区域内的企业事业单位和其他生产经营者提供污水处理服务的设施或者场所，以及企业事业单位和其他生产经营者自建自用的污水处理设施或者场所，不属于城乡污水集中处理场所的范围。（第九条）
3．对减征环境保护税应当符合的条件作了细化规定，并对减征条件中应税污染物排放浓度值作了具体明确。（第二十三条）
1．进一步明确了税务机关、环境保护主管部门和地方人民政府在环境保护税征收管理中的职责。（第二十五条至第二十七条）
2．明确了建立环境保护税涉税信息共享平台的具体要求，以及税务机关与环境保护主管部门之间通过涉税信息共享平台传递信息的具体内容。（第二十八条至第三十条）
4．对纳税人申报应税污染物排放信息以及适用的污染物排放量计算方法作了具体规定。（第三十四条、第三十五条）
5．对纳税申报数据资料异常及有关处理方法作了规定，纳税申报数据资料异常的具体情形由国务院税务、环境保护主管部门界定。（第三十八条、第三十九条）
6．对环境保护主管部门与税务机关工作配合机制作了具体规定，包括：税务机关应当依据环境保护主管部门传递的排污单位信息进行纳税人识别（第三十二条）；各级税务机关、环境保护主管部门应当加强对纳税人的辅导培训，做好纳税咨询服务工作（第三十三条）；环境保护主管部门发现纳税人申报的应税污染物排放信息以及适用的排污系数、物料衡算方法不符合相关规范的，应当通知税务机关处理（第三十六条）；税务机关依法实施环境保护税的税务检查，环境保护主管部门予以配合（第四十条）。
此外，条例对国家和地方环境保护标准（第七条），国家和地方规定的排放标准（第八条），污染物排放量和污染当量数的含义（第十一条、第十二条），污染物排放口的确定方法（第十六条）等作了具体规定。
