但在制药以外的领域，包括合成生物学在内的生物制造技术只在酶、香料、食品和饲料补充剂方面创造了利润市场。
Synonym和波士顿咨询集团的相关报告都提出，合成生物学当前的商业模式限定在高利润、低产量、对成本敏感度低的产品上。
在某些情况下，生物合成产物的单位经济效益已经能与现有工具相媲美，但这一切的前提是公司能够大规模运营。
合成生物学大会主办方SynBioBeta的创始人Joshua Lachter提出了合成生物初创公司面临的“规模-成本悖论”说。
初创合成生物学企业往往缺乏规模优势，所以很难为大规模生产提供资金，在资金短缺的情况下，他们进行小规模生产。
合成生物初创公司New Culture观察到，企业创始人必须让投资者相信合成生物学的技术风险很低，市场机会非常高，才能谋求到工业端的融资机会。
因此在当前环境下，资本更青睐于让初创企业与CMO（合同制造组织）合作，必须先开发和优化流程后，然后才能考虑建立自己的设施或工厂。
2023 年合成生物学初创公司吸引了 69 亿美元的投资资本，与 2022 年相比下降了31%，反映了多个行业经历的下降趋势。
John Cumbers指出今年下半年的融资情况依然不容乐观，建议企业做好2024年将是一场大洗牌的相应准备。
投资者表示，风险投资公司更愿意关注上游、生物过程等，因此在迈入工业制造这个紧要关头寻找资金来源始终是一个挑战。
“我们从根本上缺少一个资产类别，因为风险投资虽然非常适合承担早期风险，但它并不适合设施建设中的企业。”
在早期阶段，企业可以谋求有风险投资，一旦公司成熟，股权和债务方面都有很多选择，但在中间，合成生物学企业步履维艰。
在投资者看来，为企业提供可用于扩大生产规模的资金，让企业能顺利获得商业合同并真正扩大规模，这正是政府需要开始发挥作用的地方。
不再依靠玉米或葡萄糖来为每一个发酵过程提供燃料，而是寻求利用非常规原料，其中包括来自废弃工业气体的二氧化碳、甲烷或者甘蔗渣和玉米秸秆等农业副产品。
相较于当下为生物制造提供动力的少数微生物主力，这些野生微生物可能更适合表达某些蛋白质或利用替代原料。
与此同时，丹麦合成生物学企业Enduro Genetics另辟蹊径地想要去“欺骗”细胞，让细胞认为自己必须产生目标物质才能生存。
因为在任何生物反应器中，只有一定比例的细胞实际上在产生被编程表达的产物，而其余的基本上是贪吃者，消耗有价值的原料而不产生任何有用的东西。
该公司观察到，在生物反应器中只有15-20%的细胞负责生产目标产品，并且经过60-80代后，这些细胞可能完全失去生产能力。
因为在每一代，都有突变个体会思考，如果扔掉这个β-乳球蛋白生产基因，我可以长得更快，它们会逐渐增多，并最终接管生物反应器。
该公司提出一种运用遗传生物传感器或启动子的解决方案，它与细胞中的必需基因偶联，这意味着只有产生靶物质的细胞才能生长或增殖。
